Protože jsme reformační církví, fungujeme jako presbyterně-synodální zřízení s nadsborovou službou, která vede sbory k samostatnosti, zároveň je však zachována jednota církve. Sbory řídí staršovstva, nebo vedoucí týmy, v jejichž čele jsou správci sborů. V zájmu duchovní jednoty se sbory řídí společným vyznáním víry a ústavou, schválenou nejvyšším orgánem církve, Synodem. Synod pak volí ze svého středu Radu Jednoty bratrské a biskupy.

V současné době je předsedou Rady Jednoty bratrské české provincie Jednoty bratrské Rt. Rev. Mgr. Evald Rucký Th.D. Ep. Fr. a místopředsedou Rt. Rev. Petr Krásný Th.M. Ep. Fr..

Česká Jednota bratrská také zakládá své sbory v zahraničí.

ČLENSKÁ ZÁKLADNA

Naši otcové ve staré Jednotě bratrské rozdělovali členskou základnu sborů na tři skupiny lidí: „počínající", „prospívající" a „k dokonalosti se nesoucí". Navazujeme na tradice našich otců a také dnes dělíme členy v Jednotě bratrské do tří skupin: „přicházející", „zůstávající" a „sloužící". Tyto skupiny nejsou kastováním lidí, ale označují hloubku jejich zapojení v Jednotě bratrské.
• „Přicházející" jsou lidé, kteří navštěvují nepravidelně naše sbory a účastní se aktivit a akcí, které pořádáme. Není pro nás důležité, jestli jsou věřící, nebo nevěřící a jak moc souhlasí s křesťanstvím. Naše akce využívají, protože jim vyhovují svým obsahem.
• „Zůstávající" jsou pravidelní návštěvníci našich sborů a aktivit, tedy lidé, kteří aktivně a pravidelně využívají naše duchovní i ostatní služby, žijí s námi v trvalém společenství, podílejí se částečně i na spolupráci a mnozí dobrovolně podporují naši práci i finančně.
• „Sloužící" jsou lidé, kteří využívají služby a aktivity sborů, ale také se na jejich tvorbě sami aktivně podílejí. Lidé této skupiny jsou plně zapojeni v pastýřské péči sborů. Ve svých životech jsou vykazatelní, pravidelně se podílejí na financování sboru prostřednictvím darů a sbírek. Základním předpokladem pro „sloužící" je plné poddání svého života Ježíši Kristu. Jen v Jeho síle můžeme nejen sloužit druhým a finančně se podílet na této práci, ale činit to opravdu radostně.
 

ČLENSTVÍ V ORGANIZACÍCH

Jednota bratrská patří do svazku světové Unitas Fratrum, je členem Ekumenické rady církví, České biblické společnosti a spolupracuje i s dalšími křesťanskými organizacemi.